Идеята за създаване на Археологически музей в град Алмерия възникна още през първата половина на 19 век. До 1837 г. от близките до града и околността манастири успя да отстраня 196 картини, антични монети и надгробни паметници, бижута и съдове, отнасящи се към периода на арабския господство на територията на Испания. Но по редица неизвестни причини откриването на музея през този период така и не се състоя. Впоследствие голяма част от тези артефакти представляват музейни колекции извън Алмерия и дори в чужбина.

Провъзгласяването на Втората Испанска Република е това, че през 1933 г. в Алмерия все пак, беше открита в Археологическия музей, в който са поставени в сградата на научно-изследователски институт. Първоначално колекцията на музея представляват археологически паметници, намерени при разкопки в Алмерия и околностите. През 1934 г. музеят вече започна сътрудничество с други музейни фондове на страната. През 1979 г. във връзка с разширяването на колекции на музея е преместен в сградата, в която се заселват в колеж на Светата Дева Мария дел Мар.

През 1998 г. по проект на архитектите Игнасио Гарсия Педроса и Ангела Гарсия де Паредес е построена новата сграда на музея, отговарящо на съвременните изисквания. Вътрешни помещения на нов корпуса, просторни и светли, благодарение на използването на внимателно проектирани системи за естествено осветление, се различават минималистичен дизайн, ясни геометрични линии и пространствен обем. Колекцията на Археологическия музей на Алмерия, представени експонати, датиращи от епохата на палеолита и преди периода на мавритански владичество на Иберийския полуостров.