В 1546 е основан град Арика в място, наречено Ел Ченчорро. Петдесет години градът бе опустошен от земетресението и вълните цунами, които принудиха жителите да смени своите домове в пристанището под защита на нос Morro, в място, където тя се намира в момента.

Сегашната сграда на катедралата Арика е построена върху руините на втория храм на града, возведенного през 1640 година. След 200-годишна служба в тази църква е също разрушен от земетресение през 1868 година. Оцелели само каменни стъпала. Проектът на новата сграда на църквата е било наредено познат на перуанската президент Хосе Балта във френската работилница Густав Эйфеля и първоначално е бил предназначен за курорта Акона. Но 1875 г. бе решено да се изгради в Арике. Година по-късно в храма беше отслужена първата Литургия.

По време на Тихоокеанската война (1879-1883) град Арика стана принадлежат на Чили. Но до ХХ век идването на Арика остава под ръководството на епархията на Арекипа, според указ на Ватикана. През 1910 г. е кмет на град Арика, Maximo Лира, издаде декрет, за да изгони перуански свещеник и неговият помощник от страната. Ги заменя чилийски военни капелланы.

През 1911 г. църквата е била присъединена към епархия Тарапака (сега - епархия Икике). А през 1959 г. е преведена в ранг на катедралата. По благословение на Папа Йоан Павел II през 1986 година е създадена търновската епархия Арика с център в Катедралния събор на Св. Марка в Арике.

Сградата на църквата е сравнително малка, в готически стил. Конструкцията на църквата е изпълнена изцяло от метал - греди, колони, съединени стрельчатыми арки, с изключение на две дървени врати. Кула на храма се издига към небето, като придава на сградата на красотата и величието, на което се засилва благодарение на вън пейзажа: Плаза де Колон, нос Morro де Арика, пристанище, пристанището и безбрежное морето.

През 1984 г. сградата на катедралата е обявена за Национален паметник на Чили. А през 2002 г. - Исторически паметник на Арика.