Църквата Сан Франческо в Гаета е основана от последователи на св. Франциск от Асизи в 1222-та година. Изграждането му щедри парични дарения във подкрепи крал Карл II от Анжуйской династия, който е бил предаден от заветите на свети Франциск. Огромна готическа църква е завършена през 14-ти век. Тя се състои от централна главини с високи арки, два по-ниски странични крила, квадратен пресвитерия и апсида в края. Както и много други църкви Гаэты, Сан Франческо е била украсена с произведения на изкуството, между 16-ти и 18-ти векове. Вътре са погребани членове на някои аристократични семейства на града, и членовете на неговото испанското правителство.

След нахлуването на територията на полуострова на Наполеон, който издава указ за разтваряне на всички религиозни ордени и затваряне на църкви и манастири, църквата Сан Франческо започна да запада. Дори и след възстановителни работи, извършени с 1854-ти до 1858-ри години под ръководството на архитект Гуаринелли, в храма за известно време е бил изоставен. Заслужава да се отбележи, че реставрацията на Сан Франческо се проведе под патронажа на италиански кралското семейство и в него са участвали едни и същи майстори, които са работили над църквата Сан Франческо ди Паола в Неапол.

Малки щети на сградата на църквата бе нанесен в бурните 1860-те години, когато премина в процеса на обединение на Италия, а в годините на Втората Световна война Сан Франческо пострада много по-значително. Следните възстановителни работи, извършени през 1951-52-та година.

Да влязат в храма по стълби, на горната площадка, на която, обнесенной парапет, е паметник на културата и от която се разкрива грандиозен вид на Гаэту и залива. В центъра на фасадата се намира голям портал с мраморни статуи от двете страни – на Чарлз II Неаполитанского и Фердинанд II. На тимпане се вижда аллегорическое изображение възстановяване на папството, а от ляво на дясно са монтирани статуи на светци Бърнард, св. амвросий, Франциск, Августин и Тома Аквинского. Вътре в църквата са огромни гипсови статуи на Апостолите, а на върха на апсида – Христос Изкупителя. Декорация на Сан Франческо служи като централен престола, проектиран Гуаринелли, и няколко картини с изображение на светци и библейски сцени.

В ляво от църквата стои на сградата, след като бивш манастир. В него е запазен клуатр 14-ти век. Обширен вътрешен двор служи като площадка за отдих, на който дори е футболно игрище.