Манастирът е основан от дъното Морой Диаш през 1280 г. за монахини-клариссок. Манастирът е просъществувал дълго, и в 1311 г. той прекрати своето съществуване. В 1316 г. съпругата на крал Диниша I, кралица Изабела Португалска, възвърна този манастир.

Кралица Изабеллу Португалски, наречен още "Свети кралица", поради нейната изключителна набожности и праведност. Кралицата е толкова прославен за своите мил характер, основывала болници, приюти и училища. След смъртта на своя съпруг, крал Диниша, тя удалилась в този манастир. А през 1336 г. кралица умира и е погребан в манастира, в гробница, изписана в готически стил. През 1626 г. кралица Изабела е канонизирована за своето милосърдие и добри дела.

Първият архитект на манастира е Домингош Домингуес, известен с работата си над галериите на манастира Алкобаса. Продължава работата на архитекта-Эштевао Домингуес, който е известен с творби на над галерии на катедралата на Лисабон. В 1330 г. се състоя освещаване на храма, а малко по-късно към южната част на църквата е бил приложен манастир. Манастира е много често преподносились парични дарения и подаръци. В началото на XVI век църквата е украсена севиля плочки и са монтирани нови олтари.

Тъй като манастирът и църквата са били построени на левия бряг на река Мондего, а след това вече през годината сгради са били наводнени вышедшими от бреговете на водите на река. И в продължение на няколко века, манастирът затапливался много пъти. Поради честите наводнения в манастира е невъзможно и да бъде, и цар Йоан IV наредено да напусне сградата и да се премести в нов манастир - манастир на Санта Клара-а-е Нова, построена на хълм в близост до старата сграда. Гробница с праха на кралица Изабела и на други кралски личности е преместен в нова сграда.

С течение на времето старият манастир се превърна в руини. През 1910 г. сградата е била доведена в списъка на паметници от национално значение, както и някои реконструкционные на работа са проведени през първата половина на ХХ век.