Друга забележителност на Кордоба - църквата Сан Франциско, която се отнася до броя на така наречените "фердинандовских" църкви, получил това име поради факта, че те са били едни от първите християнски църкви, построени в Кордоба, след като го отвоевания от маврите крал Фердинанд III. Някога църквата е била част от возведенного през 13 век, манастира Сан-Педро ел Реал. Манастир, принадлежащ на францискански религиозни общности, е бил доста голям за онова време и имаше голямо влияние в религиозния живот на града. Известно е, че през 17-ти век там са живяли сто монаси, а най-големия си разцвет и влияние той достигна през 18 век. Но в началото на 19 век, по време на наполеоновите войски манастир е бил разрушен, и при това църквата Сан Франциско, по чудо оцеля.

Първоначално създадено в готически стил, днес сграда на църквата Сан Франциско, само отчасти прилича на оригиналното постройка. През 18-ти век сграда на няколко пъти реставрировалось и по фасадите имаше много елементи в стил барок, значително промениха средновековен облик на храма.

На днешния ден църквата на Сан Франциско е не само един от най-старите, но и една от най-богатите църкви на Кордоба. Тук се съхранява набор от културни ценности, придобити от средновековния период. Тук също е интересна колекция от картини на кордовских художници от 18-ти век. Отделно внимание заслужава и прекрасни старинни мебели, намиращ се в помещенията на храма.