Католическата църква на Сан Франциско се намира в центъра на град Ла Серена. Сградата на църквата е сградата края на XVI век.

През 1563 година в Ла Серена се заселили монаси-францисканцы. Кристофър Фрай Хуан Торреальба Раванеда е построил на това място параклис от кирпич. В началото на 1585 г. Фрай Франсиско Медина и Хуан Франсиско Роман Карберо започна строителството на сегашната сграда на църквата от варовик, в стила на италианския ренесанс. Дебелината на стените на сградата достига до 1, 20 м. на Строителството е много трудно и скъпо, тъй като варовик, донесена от Пенюлас Алто и гори от Експлоатация. Църквата Св. Франциск е първият каменен храм в град Ла Серена и е осветена на Коледа 1627 г. в името на Дева мария Добра Надежда.

През XVII век градът Ла Серена страда от редица нападения на пирати. По време на нахлуването в града на пиратите, под ръководството на англичанина Вартоломей Шарп в 1680 г., е разрушена голяма част от града с изключение на църквата на Сан Франциско. При земетресение 1730 г. сградата на църквата на практика не е повреден, с изключение на покриви, ремонт на която приключва едва през 1755 година. През 1735 г., когато църквата е отворена манастир и колеж за обучение на монаси. Той е работил до следващия опустошителното земетресение 1796 г., при която част от кулата се срути, оставяйки сградата на църквата и манастира не е подходяща за служение. През 1823 г., францисканцы бяха изгонени, но на техните конфискувани имоти.

През първата половина на XIX век, във връзка с откриването на добив на мед, в манастира започва да работи Мента Кокимбо, но този проект е бил краткотраен. До 1840 г. е сграда на манастира се използва като военни казарми. В хода на бойните действия при обсадата на Ла Серена през 1851 г. кулата на църквата е силно повредена. През 1858 г. сградата отново се върна на монаси-францисканцам.

През 1878 г. църквата е претърпял няколко модификации: на няколко етажа е била разрушена, храма на стана се състои от три нефов, разделени с аркади, фасадата е променена, се появяват три симетрични влизане в стил неоренесансовия. Обновеният храм беше открит на 1 октомври 1899 година.

През 1913 година кула и мазилка на фасадата на църквата отново са били унищожени по време на земетресение. През 1923 г. е построена новата кула на църквата, този път от стоманобетон. През 1975 г. след поредица силни земетресения, поради изключително лошото състояние на сградата трябваше да затвори църквата. През 1977 г. е открита предната половина на църквата, за вярващите, в останалата част на сградата продължават да се извършват възстановителни работи по възстановяване на оригиналния горната част на купола, стените и сводовете, които са съществували до средата на XIX век. В ризница бе открит музей на религиозното изкуство и църковна утвар.

Църквата на Сан Франциско е обявена за национален паметник на Чили през 1977 година.