Църквата на Сан Себастиан се намира на върха на хълм, близо до рибния пазар, в северната част на стария град Лагос. От това място се открива зашеметяваща гледка към залива. Църквата се смята за един от най-старите и красиви църкви в града.

Още преди да е построена църквата, на това място през 1325 г., стоеше капела на Непорочното Зачатие на Пресвета Дева Мария. През 1463 г. епископ Жуао де Мело е допринесъл за това, че на това място била построена църква. В 1490 г. по заповед на краля на Португалия, дон Жуао II, отново са проведени реконструкционные работа, и църквата е била разширена. След това църквата освятили като църква Сан Себастиан (църквата на св. Себастиан). За съжаление, както се случи с много исторически сгради в Португалия, църквата е била почти разрушена по време на Лисабонското земетресение през 1755 г. Църквата е реставрирана, а две столетия по-късно, църквата е била отново разрушена от земетресение, което се случи през 1969 година. С течение на времето църквата отново е възстановена.

Вътре в църквата е трикорабна, които са разделени дорическими колони. Оригинален централен олтара на църквата датира от XVI век. Олтар се състои от четири стени. Предполага се, че тези панели са създадени един от най-известните художници на Алгарве в XVI век, Алваро Диашем. В църквата се съхранява на стария план на града. През 1828 г. към църквата е прикрепен кула с камбана.

През 1924 г. църквата Сан Себастиан е вписано в списъка на паметници от национално значение.