В памет на свети Викторе в Марсилия са били основава два манастира – мъжки и женски, и двамата са били положени основател на Иоан Кассианом в началото на V век.

Виктор Марсельский живял през III век и е бил екзекутиран по заповед на император Максимиана за отказ да участва в езически жертвоприношениях. Манастирите са построени на мястото на погребението на Виктор и още няколко мъченици за вярата. Манастир Сен-Виктор в Марсилия се смята за един от най-старите на територията на Франция, заедно с аббатствами Мармутье в Кръг (III век, основател на Мартин Турский) и Леринским (началото на V век, основател на свети Онорат).

През IX век манастир, бившата резиденция на епископите на Марсилия, е бил ограбен по време на набезите на сарацинов, а жените останаха и не е разрушен и по-късно не е била възстановена. Мъжки манастир бил отново построен в края на X век по заповед на епископа Онората II. Точно в това време е била построена църква, която е запазена и до днес. През втората половина на XIV век, настоятел на Гийом Гримоар (по-късно превърнал се в баща Урбаном V) разширява, сградата на църквата и обнес му крепостна стена.

По време на Френската революция абатството е разрушени, а му помещения бяха превърнати в плевня, затвора и казармата. В началото на XIX век в църквата отново започна да извършва богослужение, а след няколко десетилетия целия комплекс от абатството Сен Виктор е даден статут на национален исторически паметник. Реставрацията на оцелелите сгради на манастира започва само след сто и повече години, е вече във втората половина на XX век.

От характеристики и реликви на църквата заслужава да се отбележи беломраморный олтара на V век, статуята на св. Виктор, орган средата на XIX век, подземен крипту с усыпальницами епископи, където се съхранява една от основните ценности – статуетка на Черната Мадона. От крипты в църквата този начин поставят само по време на честването на Сретения на Господа. Освен това, в abbey се съхранява колекция от саркофага, които са признати образци на раннохристиянския на изкуството. Когато-тогава манастира разполагал и голяма библиотека, но тя е загубен през XVI век, запазен само имат каталог.