В историята на Япония са били времена, когато управниците благоприятствовали разпространението на християнството, и периоди, когато донесени от чужбина вероучение се превърна в неотложно, а неговите последователи са били жестоко преследвани. През XV и XVI век християнството бързо разширен островите на архипелага, но в края на XVI век се оказа под запрещение, и жителите на Япония се практикува тайно. Жителите на Нагасаки са били принудени всяка година да доказва, че не са християни. За това те предлагат стъпче изображение на Исус Христос и Божията Майка, и този ритуал те трябваше да се проведе до средата на XIX век. Като цяло християнството е забранено в Япония с близо два и половина века, през това време са били екзекутирани, измъчван или изпратени от страната на хиляди хора, изповядващи тази религия.

5 февруари 1597 г. в Нагасаки бяха публично екзекутирани за миссионерскую дейност 26 души, сред които са били 20 японски, четири испанец, както и мексикански и индиец. За поръчки, които са управлявали тогава сегуна Хидэеси Тоетоми арестуван християните са измъчвани, след това доведоха в Нагасаки и разпънат на кръста през инсталиран на хълм Нисидзака. След изпълнението на загиналите мъченици са станали почитат като светци и да признае за тях са различни прекрасни деяния. Сто години по-късно след тяхната канонизация през 1962 г. на хълма са открити паметник и музей. 6 февруари Католическата Църква в Япония отбелязва деня на тяхната памет.

В колекцията на музея съдържа важни исторически документи, внесени от Европа и са изработени в най-Япония, произведения на изкуството период на ранното християнство в Япония. Експозицията в хронологичен ред запознават посетителите с период на ранното християнство, от време на време на преследването на християните и тайни на живота на католиците в период на самостоятелно изолация на държавата.

В днешно време християнството е третата от основните религии в Япония, след като будизма и синтоизма. В началото на XXI век в страната е имало около 2, 5 милиона християни, предимно католици.