Манастир Морачник се намира в източната част на едноименния остров, на южния бряг на Скадарского на езерото. Това е на 13 километра от границата с Албания, на 19 километра от черногорского Вирпазара.

Първото споменаване на строителството на манастира Морачник може да се намери в грамотност на владетеля на княжество Зита Балши III. По негово желание и напълно в неговите средства е построена църквата Успение, осветена в чест на уникална икона на Пресвета Богородица Троеручицы, в периода 1404 по 1417. Както и всички храмове от епохата на Балшичей, църквата изявява однокупольное изграждане на малки по размер с три конхами. В допълнение към нея е приложен допълнително параклис св. Иоана Дамаскина. Преди вътрешно църковно украсата е се обяснява с различни фрески, изобразяващи светците. До наше време от ранната живопис са останали едва забележими следи.

От първоначалните сгради до настоящия момент е запазена само част от манастирския комплекс. В нея са включени: каменна ограда, декориран с монументални входна врата; келейный корпус на изток; трапезария на юг; останките на четири етажа кула, на върха на която е била параклис. Преди манастира установяват църква на Преображение Господне, но днес тя представлява само руини. Съществувал манастир съвсем не за дълго, тъй като след идването на власт на турците той бързо изпразни и е бил почти разрушен.

Частична реставрация на манастира е била извършена през 1963 г. е възстановен купол над църквата. През 1985 г., последван от археологически разкопки, в хода на които са открити останките на друга църква, разположена на най-високата точка на острова. Това е църква на Преображение Господне, изградена по същото време, че църквата на успение богородично. Близо до Морачника се намира остров Топоана, на територията на която също са открити останки от църкви с характерната триконховой основа.

Възраждането на манастира се пада на 1990-те години. В този период му е назначен за настоятел йеромонах Йована (Чулибрка), прочутия сръбския православен публицист, който е работил в радио и в списание Светигора.