Според традицията, на името на "Мишарина планина" произлиза от определено изградена Мунехина Мисюри, който е живял през първата половина на 16 век и който е известен с благотворителната си дейност по отношение на Божиите църкви. Авторитетни материали Окулич-Казарин Н.Ш. скоро най-правдоподобна версия за произхода на името на храма от малки блата, носивших име мшары, в края на краищата, точно тези блата някога в древността и е заобиколен от планина.

Изграждането на каменна църква се е случило през 1547 година. Първоначално храма е бил манастирски. В записите Писцовой книга 1623 г. се споменава за мъжки Котельниковом манастир с Мишариной планината. Точно за този манастир е записано в Четьях минеях Руския митрополит на Персонала. Има предположение, че игуменом Котельникова манастир през 60-те години на 16 век е бил Василий-Варлаам, който е автор на житий Александър Невски", Евфросина Псковского.

През 1808 г. храмът е предназначен за събаряне като много стария, но все пак Светейшият Синод не е дал съгласие за това действие. През 1882 г., търговец от Псков Стехновским Петър Михайловичем пред входната врата е построена каменна постройка. През 1892-1896 г., извършени ремонтно-възстановителни работи на парични средства църковно настоятелство – Кафельникова Иван Михайлович – почетен гражданин на град Псков. Църквата има два трона, основният от които е на трона Евангелист и Апостол Йоан Богослов, а вторият е обявен в името на Светия Мъченик Йоан Воин. В продължение На 1786-1808 г. към църквата е бил придаден храм Георги с Взвоза, а през 1934 г. възложили църква равноапостольных на Светите Цар Константин и майка му Царица Елена.

Църковната камбанария е построена по едно време с изграждането на храма на св. Йоан Кръстител. В камбанарията са окачени шест камбани. В района е имало три параклиса, наредени от дърво: Чудотворец " и "св. Николай" в близост до село Хрястолово, Свети Мученицы Анастасия и Преподобной мученицы. Анастасия

При храма на св. Йоан Кръстител имаше изключение, църковно-приходское попечительство, болница, но на църковно-енорийски училища, така и не е построен. В края на 19 век в село наречен Кози Брод е построена църковната енорийска училище, но скоро през 1895 г., по причина на близост до други градските училища тя е затворена.

По периметъра на цялата църква се намира гробището, където са погребани историк и материали Цвылев С. А., реставратор Смирнов В. П., както и воини, загинали по време на изпълнение на бойния си дълг.

От 1913 година, в храма служил свещеник Elena Фьодор Василиевич. През 1927 г., след като на няколко пъти арестуван, Фьодор Василиевич заточен в Урал. Жена Колобова го последва, след което за тях никаква информация не се съобщава. Псаломщиком-дякон е Михаил Лебедев, но за него-късно в живота нищо не е известно.

23 декември 1936 г. бе взето решение за закриване на църква, но според други съобщения, богослужение продължи чак до Великата Отечествена война. По време на война храмът е получил някаква повреда на стени, покриви, вътрешни и външни облицовки. В продължение На 1970-1989 г. под ръководството на архитект Лебедев В. А. е провеждането на пълна реставрация на църквата. 3 март 1965 г. в черковен двор е затворен за погребение.

Първите услуги са започнали да се извършват през 1992 г. при самото влизане в храма. Възраждането на църквата " Свети Йоан Предтеча са тясно свързани с името на прочутия игумен Йони. Допринесе за възстановяване на църквата и директор на кабелна псковского фабрика Кукушкин Виктор Петрович.
През 2001 г. Псков архиепископ Евсевий е извършил обред на освещаването от осем камбани, които са били оформени в град Воронеж на древния метод. Днес в църквата работи неделно училище и се извършва поклонение служба, който е получил статут на епархийското.