Към края на 19 век, увеличение на броя на православното население е необходимо изграждането на нов Православен събор. Съществуващата в този момент Преображенская църквата е станала тясна за нарастващия брой членове, и освен това местоположението му не беше точно приятелска. Княз Сергей Владимирович Шаховской, който през 1885 г. е назначен за Эстляндским управител, стана инициатор на строителството на православния храм и е получил разрешение за събиране на средства за въплъщението на тази идея. Дарения за изграждането дойдат тук от цяла българия. В резултат на 15-ти септември 1899 г. беше събрана достатъчна сума за изграждането на храма.

Катедралата реши да се посвети на Светия Благоверному Княз Александър Невски, в чест на извънредно спасението на цар Александър III и неговото семейство по време на ужасната катастрофа на влака, какво се е случило на 17 октомври 1888 година. Много внимателно изберете мястото за изграждането на бъдещия храм. От осем предложени варианти спрели на площада пред губернаторским дворец на Vyshgorod. През август 1893 г. се състоя тържествена церемония по освещаването на мястото за бъдещето на църквата. На церемонията бе доведен чудотворната икона " Успение на Божията Майка, доставленная от Пюхтицкого манастир.

Проектът на катедралата е подготвил академик архитектура Михаил Тимофеевич Преображенски, специалист по църковни сгради, член на Санкт Петербургската Академия на изкуствата. Първоначално проектът предвижда инсталирането на мраморно иконостаса, но в хода на строителството му са решили да заменят на дървен позлатен. Иконите са написани в студиото на академик живопис на Александър Никаноровича Новоскольцева. На скици петербург капитанът Емил Карлович Штейнке прави витражи, които са били монтирани в алтарных прозорците на главния придела. Камбани направихте в Санкт Петербург на колокольном завода търговец Василий Михайлович Орлова. Шум на катедралата е 11 камбани. На мехурчета са оформени различни изображения и надписи. В резултат на строителството се превърна в трехпрестолый храма, направен по образец на московски храмове от 17-ти век, капацитет около 1500 души. Фасадите на църквата са украсени мозаечни пана, изработени академик архитектура И.Н.Фроловым.

Церемонията по официалното освещаване на катедралата в името Благоверен Княз Александър Невски " се състоя на 30-ти април 1900 година, която е прекарал Преосвещенство Агафангел, епископ на Рига и Митавский. В церемонията също така участваха св. прав. оа Йоан Кронштадтский.

В началото на 20-те години е взето решение за събаряне на храма, като "паметник на руския насилие". В Естония дори са започнали да се събират средства за осъществяване на това решение. В края на 1928 г. е внесен законопроект за събаряне катедралата свети Александър Невски. Храм са успели да защитят сили световна православната общественост. В периода на втората световна война катедралата е затворена и отново е повдигнат въпросът за неговото събаряне.

През 60-те години на хх век тази катедрала е искал почиствам под планетариум. От корекция, храм Александър Невски, успели да спасят младия епископ Таллиннскому и Эстонскому Алексию, бъдещето Святейшему на Патриарха на Москва и Цяла Русия алексий II. През 1999 г. В знак на специални покровительства Таллиннскому Катедралата Александър Невски е бил даден статут на ставропигиального, което означава, че пряко подчинение на храма на Патриарха на Москва и на Цяла Русия. В тези дни църквата е валиден и е отворен всеки ден от 8 до 9 часа.