Към края на 90-те години на миналия вик, появила необходимостта от построяването на сградата на синагогата. Беше планирано да се изгради цял център за предоставяне на услуги на еврейския от населението - не само място за молитва, но и микву, кошер ресторант, културен център и музей. Първата реална стъпка към реализацията на плана за строителството на синагогата е на заседание, проведено в кабинета на В. Либмана 2 юли 2004 година. На тази среща беше констатирован факта, че съществуваща сграда на синагогата не отговаря на нуждите и има нужда от нова сграда, по-функционални и по-голям, отколкото съществуващите.

Предварително са решили да се разшири и реконструира старата сграда, но от тази идея трябваше да се откаже. Специализирани и дарени средства са решили да инвестират в изграждането на Новата синагога. През втората половина на 2004 г. да се проведе конкурс с цел избор на фирма-пректировщика, в която е спечелена от фирма "Кыресаар&Котки" ("КОКО"). Преди архитекти стоеше трудната задача, необходимо е да се създаде интересен, забележителен и многофункционална сграда, която учитывало ще спецификата на естонското еврейство.

След одобрение на проекта на Новата синагога и на оценки на разходите, се проведе нов конкурс за избор на фирма-строител. На 1 юни 2005 г. с решение на управителния съвет на фонда и на управителния съвет ЕРОЭ е одобрена строителна фирма Коле.

В резултат на всички работи се превърна в нова сграда на синагогата, едно от най-невероятни свещени сгради в Талин. В тази сграда преплетени с модерен дизайн и традиции синагогальной архитектура. Всички помещения на синагогата са пълни със светлина, благодарение на големи стъклени пространства, стени и прозорци на тавана.

Като влезете в синагогата, Ще отидете в лобито, което също така е и лекционным зала. Част от стълбата, водеща към втория етаж, до главния залата, изпълнена под формата на пейки, на които може да се побере до 70 души. Стената, намиращ се в дясно от входа, може да преображаться в екран за показване на филми или на случващото се в залата.

На втория етаж, преди да влезе в главната зала са монтирани указателни табели с имената на хората, направили дарения за изграждането на Нова синагога. На противоположната страна На входа на стъклена стена, а пред нея на пиедестал – най-ценното, което има в всяка общност – шкаф, където се съхраняват Свитъците на Тора, – Арон Кодеш. Стои до камък от Ерусалим, донесени тук от президента на Израел. Моли се намират в залата на пейките, на които може да се настанят 105 души. Залата има великолепна акустика. Затова тук могат да се провеждат концерти, изпълнения на артисти.

Също така на вторият етаж са разположени офис площи, включително офиси равин и председател на общността. На третия етаж е разположен балкон, в който по време на Богослужението са жени. Тук може да се побере 78 души. Освен това, на третия етаж се намира постоянна музейна експозиция и има място за организиране на временни изложби.

На първия етаж се намира павилион за продажба на религиозни съоръжения и литература, както и кошер ресторант, с капацитет 100 места.

В Новата синагога в Талин се намира единствената в Естония миква. Входът в нея се намира от задната страна на сградата. Тук има душ, тоалетна, вана, както и самата религиозна басейн.

Таллиннская Нова синагога, построена на ъгъла на улиците Пустиня и Аэдвилья, завършва ансамбъл Еврейския център, който освен най-синагогата се състои от сгради на Общинския център и в Талин Еврейското училище.