Бистрешский манастирът е построен през първата половина на XVI век, неговият небесен покровител е Св. Йоан Богослов. Поради период на запустението на жилищата в периода на османското владичество тя е наречена в чест на Св. Йоан Пусти. През 1928 година при повторно освещаване на манастира е бил кръстен в чест на Св. Йоан Рилски.

Първоначално манастирът е разположен в специално построена сграда, а в няколко, разположени наблизо един от друг пещери, където са живели монаси. На западната стена на една от тях, доста по-голям по размер, непознат на капитана публикувано от пет сцени от житие на Свети Димитър. За съжаление, тези прекрасни образци на старата българска монументална живопис ранния период на османското робство в момента почти напълно унищожени. Но и по малко оцеляване фрагмент се вижда, че иконописец е един от най-видните представители на тырновской средновековна художествена школа. В запазените изображения на надписи са посочени името Димитър, син на Дубова, и дата – 1540 година (най-вероятно точно в това време на светата обител е възстановена).

В скалата високо над манастира се намира монашески обителта. Доскоро по стените се виждат стенописите с изображение на Св. Йоан Рилски.

В ерата на османската окупация на жилище служи като убежище на бунтовниците. Два пъти сграда преследван унищожаване по инициатива на турските власти и след това отново отстроено. Сегашният манастир съществува от ХІХ век.

Манастирският храм " Св. Йоан Богослов – това е скромна еднокорабна църква с една апсида в алтарной част. На покрива е разположен ниска кула цилиндрична форма, увенчанная купол. В миналото стените на храма са украсени със стенописи, но по-късно те са били измазани. Запазена само композиция "Страшният съд", написана на западната стена във времена, когато настоятел на църквата е йеромонах Иоас от съседните села Озирово. Вероятно тогава е извършена последно обновяване на храма. До наши дни е запазен изсечен дървен иконостас от 1920 година, произведен трявненским майстор Петър Миньовым.

Бистрешский манастир е бил важен духовен център на българите в област Враца. От запазените документи е известно, че през XVII век тук е съществувала работна среща за отливанию кръстове от благородни метали.