Музей за изящни изкуства в Хаконе е основана компанията Pola – японски производител на козметични средства. Освен музея, група от компании Pola Orbis и основава през 1979 г. Фондация традиционната японска култура и през 1996 г. – Фондация на изкуствата. С помощта на тези организации Pola Orbis се занимава с изучаването и популяризирането на японското изкуство.

Музей в Хаконе е построен в продължение на две години и е открит през септември 2002 година. Както и много сгради с културно-образователните дестинация в Япония, музей, построен като част от симбиозата на изкуствени обекти с природата Хаконе. Музеят се намира в горски масив на националния парк Фуджи-Хаконэ-Идзу, на фона на 300-годишни букови дървета и е фрагмент пейзаж. За да се сведе до минимум намеса в естествената околна среда, по-голямата част от музейни помещения, беше решено да се поставят под земята.

В колекцията на музея включва 9500 произведения на изкуството, които са събрани в продължение на четиридесет години Сузуки Цунэси – собственик на Pola Group, сега покойния. В колекцията е представена от около 400 картините от европейски художници, включително и на френски импресионисти, и на съвременни японски художници, писавших в западен стил. Музеят разполага с три платна на Ван Гог, както и картини на четката Клод Моне, Пиер Огюст Реноар, Сезан, Пабло Пикасо. Един от японски автори, представени в музея, е Цугухара Фудзита, който е известен в Европа под името Леонара Фужита. Той се отнася за така наречените "парижки училище". През 2013 г. колекционер, чието име не е било поставяно, предадени на музея две неизвестни работата на съветника – платна "Сирена", а "Гротеска". Цугухару Фудзита в началото на ХХ век се премества от Япония в Париж, където живее в квартал бохеми Монпарнас и е бил запознат с Анри Матис и Амедео Модиляни. В своето творчество той използва традиционната техника за рисуване туш и техники на европейската живопис. Цугухару Фудзита се смята за един от най-скъпите японски художници.