Кирилло-Челмогорский манастир е упраздненным манастир. Тя се намира югоизточно от село Морщихинская Каргопольского район на Архангелска област между езерата Лекшмозеро и Манастирски. Сега от манастира са запазени само руини.

В 1316 г. св. Кирил Челмогорский, монах новгород Антониева манастир, постоянно живял в планината Челма, собственост на чудским земи. В пещерке той прекарал първата зима, по-късно построил дървена келью и параклис. Към края на живота на св. Кирил и все местното население е окрещено. За новопокръстените преподобния била построена църква в чест на Богоявление. Умира св. Кирил в декември 1368 г. След 10 години след смъртта му, през 1378 г. йеромонах Арсений основава Кирилло-Челмогорский манастир.

През XV век е построена нова Богоявленский храм с приделом в името на великомъченица Екатерина. Иван IV Грозни подари Кирилло-Челмогорскому манастира обработваема земя, поле, коситба, гори, езера и малки поточета и заповяда да прехвърли на манастира част от приходите Каргополя. Има версия, че в този манастир е била изпратена една от съпругите на Иван Грозни. В 1599 г. насилствено са били пострижены съпруга на Дмитрий Курлятева-Оболенского и 2 на дъщеря си. В 1612-1615 години манастирът не е път опустошен литовците. През 1633 г. столична Новгород и Великолуцкий Киприан дава на Кирилло-Челмогорскому манастира грамота с благословия за изграждането на две църкви: Богоявленского и Богородицкого. В 1637 г. манастирът получава още една грамота с благословия за изграждането на III храма над Светите порти в името на Великомъченица Екатерина. Храм св. Екатерина " не се споменава в хрониките след 1656 години, той най-вероятно е изгоряло. През 1674 г. загина в пожар Благовещенская църква и на нейно място е издигната успение богородично. Освен това, ние манастира е било двора си в град Каргополь.

През 1727 година обедневший Кирилло-Челмогорский манастир възложили на Спасо-Каргопольскому. През 1732 г. манастирът става независим, но през 1751 г. той отново е придаден към Спасо-Каргопольскому манастира. В 1764 г., с указ на Екатерина II, Кирилло-Челмогорский манастир е бил отстранен. Две манастирски църкви са се превърнали в приходские. През 1844-1845 г. на мястото на стария Богоявленского храма търговецът Михаил Николаевич Ico е построил нова Богоявленский катедралата с приделом в името на св. Кирил Челмогорского. В 1845 г. сградата на бивш манастир, бяха раздадени Алехандро Ошевенскому манастира.

През 1880-те години на Челмогорским манастир е получена роднина (но не е официално налична) самостоятелност. В 1880 г. и 1887 г. той преминава през пожари. Богоявленскую църквата отново перестраивают в 1897-1899 година. През 1904 г. Светейшият Синод дава независимост на манастира. През 1917 г. Столична Петроградский Вениамин благославя изграждането на манастир Кирилло-Челмогорской Богоявленской пустинята Iban. През юни 1918 година тук се проведе освещаване на параклис в името на священномученика Ермогена.

През 1932 г., след залавянето на монаси и свещеници, Кирилло-Челмогорский манастирът е завинаги премахнати, дървени манастирски постройки разглобена, включително Успенскую църква. В момента от някогашен манастир са останали само руини. През 2005 г. епископ Архангельским и Холмогорским Тихоном е осветен близо до мястото, където стоеше манастир, поклонный кръст в памет на св. Кирил Челмогорского.