Анатомический музей е основан през 1924 г. Карл Густав Юнгом на базата на клон на медицински факултет, най-старият швейцарски университет на град Базел. В музея са представени интересни анатомични експонати, възстановени със съвременни методи, например, скелет, препарированный Андреасом Фезалем още през 1543 година.

Музеят притежава и голяма колекция от исторически ценни, дори уникални експонати, изиграли важна роля в развитието на анатомични науки. Постоянни изложби и временни експозиции служат за посетителите на музея, както и на студентите-лекари, проводници в увлекателно пътешествие из човешкото тяло.

Експонати в музея са систематизирани по такъв начин, че минавайки от един към друг, може да се разгледа работата на много системи в човешкото тяло. Например, показва раздел "Система на кръвоносните съдове" са разположени в непосредствена близост с модели на сърцето, както и модели на раздел "Нервната система на човека" – в непосредствена близост до централния мозък. Шарнирные модели, които можете да разгледате почерк, дават възможност на близо всички помисли и разбиране на принципите на функциониране на човешкото тяло. Също така от 1850 г. в музея е представена колекция от восъчни модели.

Музеят е включен в брой 40 на музеи и други културни институции в града, участващи в проекта "Нощ на музеите", която преминава в Базел годишно.