Базиликата Санто Ниньо, разположен в град Cebu city, столицата на едноименния остров, е най-старата римо-католическата църква на Филипините. Изграждането на църквата започва през 1565 г. под ръководството на монаха-августинца Андрес де Урданеты. Според легендата, място за изграждане на базиликата е избрано не случайно – точно тук, в центъра на сегашния Cebu city, испанците през 1565 намерили снимка на Бебето Исус, донесени на острова Фернаном Магелланом няколко десетилетия по-рано.

Първата базилика е била построена от глина и дърво. През 1735 г., губернаторът на провинция Себу Фернандо Валдес Тамон заповядал да построят на това място нова сграда, този път от камък. Строежът е завършен през 1739 година. Архитектурна особеност на църквата е станало на комбинация от биологични три стила – мюсюлмански, римски и memorial.това. Два века по-късно, през 1965 година, по време на честването на 400-стотна годишнина от покръстването на Филипините Папата Павел VI е дал на църквата статут на "малката базилика". Все още Базиликата Санто Ниньо се намира във владение на Ордена на Свети Августин.

Вътре в базиликата, организиран малък музей, посветен на историята на покръстването на остров Себу. Тук могат да се видят антични предмети, включително и старата мебели, одежди на свещениците, статуетки и други неща. Интересна част от колекцията на музея има много играчки, преподнесенные в дар на Бебето Исус.

Днес посещение на Базиликата Санто Ниньо идват не само от многобройни вярващи, но и туристите. За това, за да побере всички посетители, на територията на църковния двор е построена така наречената "поклонически център".