Архитектура на синагогата Бен Эзры не се различава от стандартната архитектура коптских църкви. Това се случи, защото сградата първоначално е била църква, но в края на X в. халиф Хаким затвори църквата. В по-късни времена това е сграда изкупени еврейска общност, която в това време беше на голяма част от египетското общество. Синагогата е бил кръстен на равин на Йерусалим Ейбрахам бен Эзры.

Само синагога факта, че през XIX век, по време на ремонта, тук е открита съкровищница с хиляди документи на XI-XII век.
Наскоро синагогата отреставрировали.