Основата на Свето-Троицки Михаило-Клопского на манастира се е случило на десния бряг на малка река Веряжа, че в близост до вливането на река в известното езеро Комисията.

Най-ранните сведения за Свето-Троицком мъжки манастир се отнасят до 1412 г., че е записано в Новгородска летопис. Най-първата манастирска църква е храм света Троица в Клопске. Той е построен от дърво само за 60 дни и е представлявана от е типична новгородскую постройка. Пробата на строителството е взето Gabi църква, разположена в Николо-Лядском манастир. Храмът е четырехстолпным, кубическим, е имал една апсиду и една глава. От страна на запада към сградата примыкала изработени от дърво паперть. След 7 години дървена църква е заменена с каменна.

В продължение На 15-ти век манастирът е под егидата на великите московски князе и е един от важните елементи на разпространението на техните правомощия. В края на 16 – началото на 17 век Троица манастир значително засили своето политическо и социално положение, и това се превърна в предпоставка за широка строителна дейност и формирането на напълно нов ансамбъл от сгради. До 1569 г. Троица, църквата е била единственият каменен храм, а други са на разположение на територията на манастир от, например, трапезария, килии, ограда, както и помещения за битови нужди са подредени изцяло от дърво. В Троица, църквата, къщи мощите на преподобния отец Михаил Клопского Чудотворец. Храмът е напълно разглобен. На нейно място, по заповед на Иван Грозни, построили голяма красива катедрала. Тук е устроен ковчег Михаил Клопского. Света троица, катедралата е квадратна, четырехстолпным и имал три по-ниски алтарные апсида и три обемно-пространствени композиции, които значително се различават извънредно монументальностью. Едно стилистично решение е постигнато с помощта на членения фасади профилированными раменете, няколко стянутыми килевидными арки. Освен катедралата в южната част на манастира, в 16 век е бил построен Николският храм, който трапезную камарата.

В началото на 17 век, шведски и полско-литовските война значително влошава положението на света Троица и на манастира, в края на краищата, манастирът е бил заловен от войните на Самуил Коврина. През 1623 г. манастирът станал отново се съживи и първоначално е бил заобиколен от тыновой ограда. Всички те имат дървени постройки са били представени за ограда, което се превърна в отделните започнало в комплекса. В северната част се намира на втори търговския комплекс, в който са разположени настоятельские и братски килии.

В продължение На 17 век се случват сериозна корекция по отношение на промените изпълнения Николския храм, растески прозорци и регулиране на крила света Троица и катедралата. Всички тези преработи доведоха в нарушение на стилистического единство храмове, но и издигането на монументална ограда с малки кули създаде необходимия завършен вид за две паметници. В резултат на това, през втората половина на 17 – началото на 18 век е изцяло формира нов архитектурен комплекс. Свято-Троицкий манастир, придобити необходимо клирънс, която е заобиколена от голям пръстен на застрояване.

В 1740 г., когато манастира са създадени черни очи и конюшенный дворове. През 1742 година, са подредени вятърни мелници, които са разположени зад оградата. След известно време, започнаха да се появяват каменни помещения, предназначени за настоятельского на корпуса, жилищна сграда, игуменских килии.

В края на 18 век манастирът се превръща в истинска строителна площадка, защото работата е кипял тук до 20-те години на 19 век. Това са строителни работи, свързани с изграждане на просторен конюшенного двор, съоръжения трехъярусной камбанария, нови килии, каменни изби, нова ограда с кули. През 1824 г. е имало параклис и перестроилась църква Николай Чудотворец. Подредени два нови придела.

В голяма степен Свято-Троицкий манастир пострадал по време на Великата Отечествена война, и с тази порите започва разрушаването му. През 1964 г. са били окончателно унищожени трезорите в столовата палата.

През 1985-1992 г. са проведени големи научно-изследователски работи под ръководството на Красноречьева Л. Д.. В периода 2003-2004 г., са отпуснати пари за възстановяване на стария паметник на руската архитектура. Сега Троица манастир се управлява от Новгородска Епархия и подлежи на възстановяване.