Строителството на манастира Нинна-джи започна през 886 г. един император - Кеке, и завършва две години по-късно, след смъртта на предшественика друга – Uda. След отказите на престола на император Uda сам е взел постриг и е отишъл на монасите. Поради факта, че е пенсиониран император живял тук остатъка от своите дни, манастирът е получил неофициално име "на Стария царски дворец Омуро". Официално същото име Нинна-джи се превежда като "Манастир хуманен хармония".

От времето на основаването на храма и до втората половина на XIX век настоятелями манастира ставали синовете на императори, като обет за монашество по волята на бащите си.

Манастир три пъти правил тест на огъня: при пожар през 1119 г. комплекс е загубил голяма част от своите сгради, а в смутни времена Онин (1467-1477 години) на негово място е останало само пепел. Той е възстановен само в XVII век, и то не напълно. За това, колко големи са били манастирски притежание, свидетелстват 88 оформления паломнических храмове, някога стоеше върху неговата територия, които са определени за градината. През 1887 г. изгаря част от сградите Нинна-дзи, обаче реставрацията започна едва след повече от две десетилетия.

Днес Нинна-джи е най манастир будистки секти Шингон-Омура и се намира в района на Уке старата японска столица. Основният храм на Нинна-дзи – статуя на Буда Амид. Главният храм на манастира Нинна-джи е обект на Световното наследство на ЮНЕСКО, а някои от неговите сгради и съхранявани в него куриози имат статут на национално достояние на Япония - в частност, Апартамент - главната зала на храма, дървено изображение на Буда, изображението върху коприна божество Кудзяку и други. Отвътре църквата е украсена с уникални живописни платна и други произведения на изкуството.

Теренът на храмовия комплекс разделено на няколко високи стени. В юго-западната му част са разположени езеро и павилиони, в които се съхраняват съкровища и старинни произведения на изкуството. На север се намира главната зала на Апартамент, пятиярусная пагода и вишнева градина, където от много години се култивират сорт Омуро Чери, които цъфтят по-късно всички. В храма се намира училището икебаны Омуро.