Ботаническата градина е положен в 1772-1774 години. Почти веднага след основаването го обединиха с Националния исторически музей, създател на който е бил маркиз Pombal. Място за градина избрал за заместник-канцлер на Университета на Коимбра Франциско de Lemos. Градина се намира на земята, която по-рано принадлежеше на Училище " Свети Bento, местоположение която е долината на Ursulines. Първият куратор градина е Домингос Ванделли, а през 1791 го замени дойде Фелик Алевар Бротеро, професор по ботаника и земеделие. Градина разширява непрекъснато, нови образци на растенията, и към днешна дата градина заема площ от 13 дка.

Ботаническата градина на Университета в Коимбра се смята за един от най-красивите градини в Европа и се състои от две части. Една част от него е разположен на хълм и е разделена на тераси. Долната тераса носи името Квадрадо "Централ" и е най-старата част от градината. Тераса краси фонтан на 40-те години, за да можете да видите дървета, засадени по времето на курирования градина Феликсом Бротеро. Декор елементи тераси имат много общо с декор на европейските градини през XVIII век. На други тераси може да се види на оранжерии с тропическите и субтропични дървета, и цветни лехи цели семейства растения. В тези лехи растения, разпределени по групи таксономически и се отглеждат за употреба от студенти-маниаците, а също за обмен с други подобни институти по света, в които има ботанически градини.

Във втората част на градината се простира долината, през която протича малка рекичка, и къде се намира ботаническа градина. Там расте много бамбукови дървета и други екзотични растения. Също така във втората част на градината е известен с превъзходната колекция от евкалипт (51 вид). В градината обитават птици. Семейството на кафяви протеин са част от екосистемата, която беше успешно въведена през юни 1994 година. Протеините са първите животни, които добре са се адаптирали в околната среда и са започнали да се размножават.