Изграждане на нова сграда на манастира Санта Клара в Коимбра е започнало през 1649 година. Стар манастир, е построен в края на XIII век, е бил разрушен и е взето решение за изграждане на нова сграда за монахини от ордена на "санта Клара".

Проект на манастира е разработил бенедиктински монах и кралският архитект, Жоао Турриано, строителство заведовал кралския архитект Матеуш ду Коуто. Ново строителство е продължило достатъчно дълго време. През 1677 година в новата сграда на манастира, който е наречен манастирът Санта Клара-а-Нова, влезли монахиня. В 1696 г. се състоя освещаване на храма.

Централен портал манастирска църква украсява кралския герб, който се поддържа от двама ангели. Интериорът на храма е направен в стил барок. Църквата има един неф, трансепт липсва. Странични капела и началната капела красят 14 запрестольных образи на XVII век в стил "талья дорада" - алтарные картини в рамка от издълбани и золоченого дърво. Освен това, в новия манастир и пренесен на гробницата с праха на кралица Изабела Португалска, основател на манастира. След смъртта на своя съпруг, крал Диниша, кралицата беше в коимбрском манастира Санта Клара до смъртта си и е бил погребан там. Затова сред местните жители на тази обител се нарича манастира на кралица Изабела. Гробница с покойници, направени от сребро и кристал е разположен близо до главния олтар на църквата. Пред църквата е паметник на кралица виктория Изабелле, изпълнени скулптор Антонио Тексейра Лопеш през XIX век.

През 1733 г. в манастир са били построени покрити галерии в ренесансов стил. Изграждането на тези галерии заведовал унгарски архитект Карлос Мардел.