Първоначално на мястото на двореца Ajuda е дървена сграда, построена за кралското семейство, която реши да се насочат натам след земетресението през 1755 г. Тази сграда се нарича още "Царска барака" или "Дървен дворец". Пожар е унищожил си в 1795 г. и на негово място е издигнат каменен дворец.

Сградата начинало, построен под ръководството на архитекта на Мануела Ситано де Susa, който е планирал да го направи в стила на късния барок - рококо. Малко по-късно строителство продължава архитекти Хосе да Коста и Франсиско Ксавьер Fabri, но сградата вече е построена в неокласически стил. Строителство продължи до 1807 г. и не е било завършено. Дворецът е превзет от войските на Наполеон, а кралското семейство е бил принуден да напусне Португалия и да се скрият в Бразилия. Строителство продължи бавно, на места е прекъснато, вид на двореца да се промени предвид това, че на всеки етап от строителството е друг архитект. През 1826 г. дворецът отново се превръща в кралска резиденция. През 1910 дворецът беше затворен след обявяването на Републиката и вече е отворен като музей през 1968 година.

В музея е великолепна колекция от произведения на изкуствата, датираща от XV и завършва на XX век. Зали на двореца са украсени с мебели в стил Луи XV, гоблени и статуи. В двореца на много екстравагантни предмети на декоративно изкуство. Такова изобилие от лукс е резултат на безпрецедентно богатство през XVIII век, когато за първи път в Бразилия са открити диаманти. Удари си великолепие Зимна градина, Бална зала, стая Посланик, а така също Банкетна и Тронната зала.

Досега Дворецът се използва от правителството на Португалия за извършване на официални церемонии.