Църквата на Санта Круз е построен от монаси-от йезуитите в 1608 г. като енорийска църква за китайските имигранти в Манила, много от които приели християнската вяра. Когато йезуитите са изпратени с Филипинските острови, църквата премина във владение на монаси-доминиканцам. Сградата на църквата на два пъти беше почти разрушено, в резултат на силни земетресения и сериозно повредена по време на прочутата Битка на Манила в февруари 1945 г., която сложи край на почти три години на окупацията на града от японските.

Когато през 1571 Манила е обявена за столица на Филипински архипелаг, тя се очертава да се превърне в подобие на средновековния европейски град, с неговите църкви, дворци и ратушами, построени в стила на испанския барок. Сегашната сграда е Църквата " Санта Круз, реставрирана и през 1957 г., е реставрирана в първоначалния си вид. Обаче в кулата си може да видите следи от типично за азиатския архитектурен стил. Олтара на църквата на пръв поглед изглежда малко занижени, но го светлинно оформление страхотно.

Църквата Санта Круз се намира на Площад Лаксон (бившата Размер на Гойте), в близост до известния Фонтан Каррьедо, построен още през 1882 г. в чест на "най-великият благодетел на Филипините" Франциско Каррьедо, който дарява 10 хиляди долара в изграждането на първия в Манила водопроводна система.