Митрополичья църквата "Свети Николай Чудотворец" е разположена в юго-източната част на Мелник, в близост до центъра на града.

Храмът е построен на няколко етапа. В средновековието (XIII-XIV век) на това място е еднокорабна църква. През 1582 г. тя е ремонтирана и разширена. През 1657 г. под ръководството на ктитора и митрополит Теофана доста обветшавший храмът е възстановен. По-късно, през 1689 и 1969 г., архитектура на храма е претърпял поредните промени. Строежа ръководи пряко столична Макарий II. Почти век по-късно, през 1756 г. църквата е възстановен и най-накрая е придобила този вид, в който тя е достигнала до наши дни. От сведенията, посочени в букви в горната част на старинния на иконостаса, е известно, че лицето, включени средства за ремонти, е бил митрополит Макарий III. През 1895 г. църквата и сградата митрополия, разположено наблизо, силно са пострадали в резултат на пожар. Така в началото на ХХ век православен храм отново е възстановена е формата, в която той имаше след 1756 година.

Да влязат в митрополитскую църква е възможно чрез два входа – от западна или северна страна. Вътрешното пространство се разделя на три главини два реда дървени стълбове – по шест на всеки. Те служат като опори за дървеното покритие под формата на масивна арочного свод над централния нефом. Почти по целия периметър главини се простира широк балкон. В алтарной част се намират две полуцилиндрические апсида. Вместо да се изгори си в огън стария иконостаса е произведен и инсталиран нов. От предишния са запазени само царските врата с изображения (1864 г.), автор на които е Лазар Зограф от Мелник. Те също са написани на икони за храма.

От западната страна на сградата над малка пристройка се издига кула с камбанария.