Музей на историята на Москва е основан през 1896 г. и е обявен за Музей на московския градски стопанство. Инициатор за създаването на музея е градска Дума. Основа събрание възлизат на експонати палата на Москва на Всеросийската художествено-промишлена панаир в Нижни Новгород, проведена през 1896 година. Под музейную експозиция е била предоставяна и една от Krestovskih водонапорных кули.

От 1920 г. музеят е носи името "Москва коммунальный музей", а през 1921 г. е преместен в Сухаревскую кула. В тридесетте години основната тема на експозиция на музея е генерален План за реконструкцията на Москва 1935-1947 години. През 1935 г. кулата е била свалена, и музеят е преместен в храма на Йоан Богослов под вязом на Новия площад.

През 1947 г. за първи път на експозиция на музея събрани в съответствие с хронологията на събитията. В тази форма на експозиция се продължи до 1970 година. Вашето сегашното си име "Музей за история на Москва" музей носи от 1986 година. От 2006 година музеят заема известният архитектурен комплекс "Провиантские складове" на Зубовском булевард. През 2008 г. музеят получи нов статут – на съюза.

Музейное асоциация "Музей на Москва" – това е комплекс от музеи. В него са: археологическия музей в Москва, музей "Английски двор", Музей на руската хармоници А. Мирека музей-чифлик Голицыных "Влахернское – Кузьминки", музея за история на "Лефортово", музея на Храма Христос Спасител " и музея на Гиляровского.

Фондовете на музея наброява около един милион единици за съхранение на багаж. В колекцията на музея за най - богатите археологически колекции, голяма колекция от изящни материали, сред които редица картини Васнецова "Старата Москва", картини на Makovsky, Айвазовски, Сурикова, Поленова, Пащърнак, Фалька и Смелост. Поради малкия брой на изложбени площи и огромно количество експонати на музея са постоянно доволни от сменяеми изложба от своите богати фондове.

Музей притежава огромна изследователска работа, археологически разкопки, пуска научни статии, свързани с археологически паметници на Москва и Предградията.