Църква Мария Магдалены се намира в района Södermalm в стокхолм. Историята на църквата датира от 1350-та година, когато крал Магнус Ериксон с разрешение на папа Климент VI е построил параклис и е посветил го на Мария Магдалене. Външния облик на сградата на тези години лошо документирано, и само дошедшая до наши дни медна гравюра изобразява параклис " като малка сграда с голяма кула, гарнирани с остроконечным spire.

В началото на 1520-те години на Густав Васа освобождал Стокхолм, и на неговите войски начело с Педером Фредагом на лагер в параклиса, но те понесоха тежки загуби, когато датски войски Кристиан II приобщи към тях от града. Това е събитие, може би, и е една от основните причини, поради Густав Васа унищожава всички църкви, манастири и параклиси, които обграждат града, след въвеждането на протестантството през 1527 г., включително и параклиса на Богородица Магдалены. Въпреки това, неговият син, крал Йоан III, започна изграждането на нов храм на мястото на параклис в 1588 година. Обаче смъртта му през 1592 прокобата проведени строителни работи, и църква остава незавършен чак до 1634 година.

Архитекти Никодим Тессин Старши и Тессин Младши идват за продължаване на строителството и построили църква в бароков стил. Spire, считавшийся най-красивата в Стокхолм, е бил разрушен по време на пожар през 1759 г., който също е унищожил 300 други сгради в района. Карл Юхану Кронстедту беше възложено да възстанови църквата, и неговият проект е завършен през 1763 година. Той е запазил голяма част от оригиналната конструкция. Реставрация на интериора на църквата на Мария Магдалены се проведе през 1927 г., тогава тук е монтиран и първият орган, втората е добавен в 1986 година.