През 1220 г., земята, окружавшая село Падизе, е предоставена от манастира Дюнамюнде (днес Даугавгрива на територията на Рига) като награда за това, че местните жители на този манастир са помогнали да доведе до вярата и кръщението на местните жители. Предполага се, че първоначално е била построена капела (параклис), която, както се смята, е била каменна. Поне има информация, че 1310 г монаси поискал от датския крал Ерик Менведа разрешение за изграждането на каменни сгради. За развитието на религиозния живот на селото и обслужване на параклис тук са изпратили няколко монаси.

През 1317 г. започва активно строителство на църковни сгради в Падизе. За произведения на изкуството, използван от вазалеммайский мрамор, а по-късно камъни. Каменна стена, окружавшая масивна манастирските сгради, зависи от релефа и последва поречието на реката. Развитието на манастира е било спряно през 1343 г. в нощта на Гергьовден, ден, когато се случи въстанието на естонците. Тогава, според дневника на Херман Вартбергского, са убити 28 монаси, и дори подпалиха сгради. След въстанието на Дания е прехвърлила на Северна Естония Ливонскому заповедта.

Цистерцианцы са водели аскетичен начин на живот, не ядат месо. Цистерцианцы – католически монашески орден, който през 11 век отсоединился от бенедиктински орден. За цистерцианских монаси се характеризира съзерцателен, аскетичен начин на живот. Църквата на поръчката, се характеризира с пълна липса на луксозен интериор, безценна утвар, картини. Медал стана толкова влиятелен и известен, че през 13 век вече наброява около 200 манастири, а в началото на 14 век техният брой се е увеличил до 700. В чест на свети Бернар Клервоского, който е играл значителна роля в развитието и разработването на ордена, майстор издълбани върху каменни конзоли на църквата образа на светеца, заедно с символ на вярност – кучето. Цистерцианцы създали в Падизе рибно стопанство, което включва в себе си няколко езера. Най-високо зори манастирът достига до 1400 година.

След Ливонской война голяма част от манастирски постройки оказа се разби. Известно е, че по време на тази война, настоятел на манастира е бил обезглавен. Оттогава ходи легендата на живот и тук призрак на монаха, който може да се появи пред хора по всяко време на деня и нощта.

Днес руините на манастира Падизе са били подложени на частична реставрация. Каменна зидария законсервирована от по-нататъшно разпадане. Манастирът е отворен за свободен преглед. Двор, както и самата сграда на манастира често се използват за провеждане на представления, концерти и сватби.