Древно предание разказва, че през 1364 г., литовски сановник на име Гоштаутас, поканени в страната 14 францискански монаси и подарил им жилища, за да могат те да се заселят в страната. Когато Гоштаутаса замина, всички монаси били избити. Известно време по-късно, сановник покани други монаси францисканците. Нови монаси той да е другаде, а на мястото на жертви на монасите е построена църква, наречена в чест на Светия Кръст.

През 1524 г. църквата изгаря. През 1635 година на това място са се заселили свещеници бонифратры. Те започнаха своята дейност с това, че построиха нова църква на Светия Кръст, намерени в близост до едноименния манастир и са на територията на манастир в болницата. По-късно в болницата са се превърнали в приют за психично болни. Църквата Гоштаутаса е бил отведен под монастырское помещение. Психиатрична болница са действали тук чак до 1903 г., когато е преместена в нови сгради, построени специално за психиатрични клиники.

В 1737 г. църквата отново е опожарен. В 1748 г. църквата е ремонтирана, е напълно ремонтирован интериор, са разположени шест олтара, и е била инсталирана костельная катедра, построена в стил барок. Така, в стил барок, украсена фасада и самата сграда на манастира. Въпреки, че след тази реставрация на екстериора на сградата са се появили и елементи от рококо. Вътрешността на храма величествено се издигат над просторна локализация каменни, кръстовидни арка. Интересно съчетание на архитектурни елементи от барок, рококо и неорококо.

На територията На храма се намира източник, смятан за магия. Легендите разказват, че източникът се появи неочаквано в близост до статуята на Непорочното Зачатие. Това е точно на мястото, където са били подложени на изтезания убиенные монаси францисканцы. Казват, че особено благотворно влияе на водата от този източник на пациенти, страдащи от глазными болести.

В костеле има и чудодейна кръст, който е над главния олтар. Под кръста се намира изображение на Пресвета дева Мария с младенеца. Предполага се, че картината е написана през 17-ти век, но изолирани произход модел не е известно. Тя също класирани до чудотворната икона на творениям. Копие на чудотворната картини на Пресвета дева Мария с младенеца, под формата на стенописите, за да можете да видите и на главния фасадата на Църквата. Тя се намира под извит фронтон, построена през 1737 г. между двете странични кули църква.

Между 1914 и 1924 години в храма са извършени специални услуги за ученици от литовските училища. В период, когато Вилнюс е окупирана от Полша, в храма не се извършват в услуга на литовски език.В 1843 г. Ред бонифратров били премахнати, а на мястото на манастира е останало само тяхното представителство. През 1909 г. църквата е отново ремонтирован. След края на Първата световна война, през 1924 г., епископ На Матулайтис покани бонифратров да се върне в манастира на Светия Кръст. Връщането на монасите в манастира е много своевременен. Те са ремонтирани църквата, воздвигнув в нея шест олтара. Също така те организираха когато свято място приют за възрастни хора и безплатна трапезария за нуждаещите се "Каритас".

В началото на Втората световна война братята от Вильны са били изтеглени ред бонифратров. През 1947 г. манастир-късно е приютил на конгрегацията на сестрите "на Непорочното Зачатие на Пресвета Дева Мария". Обаче задаваше те са тук за кратко. Съветските власти са затворили през 1949 г. и манастир, и храм. В сградите на манастира са разположени жилищни апартаменти.

През 1976 г. храмът отреставрировали и организираха в концертна зала на Вилнюската филхармония, така наречения "Малък зала барок". Тук са подредени концерти на орган музика.

Вильнюсское архиепископство е получила обратно своите сгради само след промяна на държавния ред, през 1990 година. Храма и сградите на манастира били възстановени, отделени като свещени и прехвърлени отново монахиням на конгрегацията на сестрите "на Непорочното Зачатие на Пресвета Дева Мария".