Загребский университет е най-старата, не само в Хърватия, но и в югоизточна Европа. Дата на официалния си основаване се счита за 23 септември 1669 г., когато римският император и унгарско-хърватски крал Леополд I издал закон, признающий привилегии и статут на университетски образователни институции на бившата иезуитской академия, която действала на територията на свободен кралски град Загреб, бившата столица на Кралство Хърватия и Славонии. Тази дата е началото на историята на Загребского университет в борбата му за претворяването в живота на получените права и получаване на прилично място сред авторитетните и представителните университети и академии в Централна Европа.

История Загребского университет в съвременния му вид започва с инициативи джяковского епископ и известен хърватски меценатството Йосипа Юрая Штроссмайера, когато той през 1861 г., предложи да се организира в университета четири факултета: медицински, теологический, философски и юридически. Тази оферта е била разглеждана в рамките на няколко години, а през 1874 г. хърватският парламент прие тази инициатива, и да издаде решение "За университета". В същата година от университет променил името си и става известен като Съвременен университет в Загреб.

От 1990 г. на университета е получена голяма автономия, в същото време започна да се присъединят към Болонскому процес.