История на музея Аквитании в Бордо се брои през втората половина на XVIII век – от момента, Академия на Бордо е бил основан музей каменна скулптура, в който се съхраняват останки от римско наследство. Тези артефакти са били открити по време на изкопни работи в градските райони, които периодично са провеждани в периода от XVI до XVIII век.

През 1963 г. институт бе преименувана в музей на история, археология и етнография, а също така да стане известно под името "музей на Аквитании". През 1987 г. музеят се премества в сградата на бившия факултет по изкуства и науки, която е построена в края на XIX век на мястото на манастира, известен като място на погребението на писателя и философ Мишел дьо Монтеня. Музей Аквитании се намира в близост до катедралата на Свети Андрей.

През 2009 г. в музея били открити нови зали, посветени на такава сложна тема в историята на колониална Франция, тъй като робството и търговията с хора. Бордо е на второ място в Нант пристанище, чрез които в Европа пристигащи черни невольники. Само през Бордо е доставено около 130 хиляди роби. В музея са представени документи и други експонати за условията на живот и работа на роби, наказанието за бунт и стреля.

В момента площта на музея е над 5000 кв. метра, както и колекция от експонати има около 70 хиляди единици за съхранение на багаж. Всички тези предмети, документи, произведения на изкуството представят историята на историческата област Аквитания и нейният главен град Бордо. Най-ранните експонати тази колекция датират от праисторическа епоха, много от експонатите са свидетелства за различни периоди – римски, раннохристиянски, Средновековието. Също така в музея може да се види експозиция, посветена на морската история на Бордо, на изкуството на народите от Африка и Океания.