Морски музей се намира в района на Минато Мираи и е посветена на морската история на Япония. Той е открит през 1993 година. Централен експонат на музея – морска учебна яхта Nippon Maru, който е публикувана на вода през 1930 г., а сега се намира в подножието на кулата Лендмарк Тауър.

Музей принадлежи на голямата корабна компания NYK Line, история която датира от 1870 година. В момента флот възлиза на 776 кораби, представителство на фирмата са отворени в 27 страни по света, включително и в Русия. Компанията навлиза на Mitsubishi Group.

Музея разказва историята на Иокогамы като едно от пристанищата на Япония, които през XIX век са отворени за международната търговия. Смята се, че отварянето на Япония към останалата част на света се случи в голяма степен благодарение на командору Матю Пери, на политика, на полицая и на Военно-морските сили на САЩ. В 1852-1854 г. той успешно прекара две дипломатически мисии, в резултат на което между САЩ и Япония е подписан Канагавский договор, ослабивший самоизоляцию Страната на изгряващото Слънце. Експедиция Пери са четвъртата и петата опит на САЩ установи търговски и дипломатически отношения. Пери е наредено да се прилага сила, ако Япония се откаже от преговори. Неговите кораби, стреляли във въздуха и произвеждат кълба черен дим, така че японците прякор близка "черна".

Експозицията на музея разказва за това, как еволюира японското и световното корабостроене от средата на XIX век, за модерни технологии в тази индустрия и за значението на пристанището на Йокохама. Тук са представени с голяма колекция от модели на съвременни и старинни кораби, колекция от книги за корабостроенето.

Платноходка Nippon Maru – четырехмачтовый кораб с дължина 300 метра. За годините на своята работа премина, според оценки на специалисти, 1, 8 млн. километра, и като учебен кораб се подготвили за морска служба, около 11, 5 хиляди души. Е публикувана на вода през януари 1930 година. След края на Втората Световна война го използвали за репатриране на хора от бившите колонии на Япония. През 1984 г., Nippon Maru е завършил служба и е бил пришвартован в подножието на Кулата Лендмарк.