Основният експонат на Музея на атомна бомба над Нагасаки е оформлението на самата атомна бомба, която на 9 август 1945 г. в 11 часа е била пусната от американски бомбардировач В-29 "Bockscar". От взрив незабавно загинаха 74 хиляди жители на града и още много са били подложени на изрязване и умират от неговите последици.

Нова модерна сграда на музея е построена през 1996 година, когато има петдесетата годишнина от атомната бомбардировка на Нагасаки. Музеят е построен в самия епицентър на взрива. Им е област Ураками – уютен квартал, който през 20-те години на миналия век е избран за място за настаняване на военни заводи.

В сградата на музея епицентър на определен черна колона, която слага край на фигурата на ангел. Основните експонати на музея са снимки на жертвите на бомбардировките, както и видео-интервюта с оцелели след нея. Освен това, представени на лични вещи и предмети, които са били искорежены по време на експлозията, както и часовници за оставане в момент на бедствие и оттогава показва само едно време – 11 часа 02 минути. Има сред артефакти и снимки, на които заловен живот на града до взрив.

Тук също е разказана историята на създаване на ядрено оръжие, изпълнен факт самото нападение и са описани събития, които доведоха до катастрофа. Атомни въздушни удари, нанесени по две градове – Хирошима и Нагасаки, са били извършени с цел да се ускори капитулацията на Япония във Втората световна война. Ядрен "аргумент" приложили САЩ, през август 1945 година.

Да напускат музей, посетителите могат да вземат за спомен фигура от хартия журавлика, на които има огромни. Фигурки оригами под формата на журавлика се превърна в един от символите на японската трагедия. Журавлика за първи път траян момиче Садако Сасаки, която е била изрязване по време на експлозията на атомна бомба в Хирошима, а след 10 години умира от левкемия. По трябваше да бъде чута от него легенда, хиляда хартиени журавликов трябваше да изпълни най-едно желание, но това момиче успя да се прибират от хартия само 644 птици.

Музей на атомна бомба се намира в непосредствена близост до Мемориален зала в памет на жертвите на атомната бомбардировка.