Ботаническата градина на град Пиза, разположена на площ от 3 дка, – това е структурно звено на Университета, ежедневно отворено за обществеността. Това е може би най-старата ботаническа градина в света.

Градината е основана през 1544 г., по инициатива на известния ботаника Лука Гини от Имолы и с финансовата подкрепа на Великия Херцог Козимо I Медичи – тогава това е първият в Европа на университетска ботаническа градина. През 1563 г. се премества от градината на манастира Сан Вито на брега на реката (днес на това място се намира Арсенал Медичи) по-близо до манастира Санта Марта в северо-източната част на града, а през 1591 г. по инициатива на тогавашния ръководител на Лоренцо Маццанга – на сегашното място на улица Via Лук Гини в близост до известния площад Пиаца дел Дуомо.

С най-първите дни в ботаническата градина започнаха да се събират колекция от природни обекти (сега е Музей на естествената история Пиза) и отвори библиотеката, която днес е част от университетската библиотека. Освен това, е запазена една страхотна колекция от портрети на директорите на ботаническата градина, събрана за дълги векове на неговата история, и един от най-първите оранжерии, изградени в Италия от стоманени рамки.

Модерен ботаническата градина на град Пиза разделени на няколко секции, в които могат да се видят цветни лехи, езера, оранжерии, различни постройки. Тук се отглеждат местни и екзотични видове растения, като в оранжерия, така и на открито. Тук работи ботаническа градина. Атракция на градината е сградата на стария ботаническата градина на института, построена в 1591-1595 г., чиято задна фасада е украсена с морски черупки и керамични мозайки в стил гротеска.