Зоологическата градина и музея на природата в Сплит са се появили благодарение на подаренным града в началото на XX век на няколко ценни природни колекции. Професор Умберто Джирометта през 1923 г., поставя въпроса за създаването на Музей на естествената история. Общински съвет град Сплит е взел този въпрос за разглеждане и през 1924 г. е основан първият музей, а Джирометта става негов ръководител до смъртта си през 1939 година.

В първите години на своето съществуване музей е разположен в една от общинските сгради в центъра на града. Скоро помещения се пропуска и музеят се премества в една от сградите на парка Мариан. Заедно с музей бе открита малка зоологическа градина, представлявший някои видове местни и екзотични животни. За първа на територията на бивша Югославия Аквариума в непосредствена близост до сградата на музея е изградена допълнително помещение. Няколко години по-късно Аквариумът е затворен и преустроен в малък терариум. Днес зоологическата градина в Сплит наброява повече от 300 вида животни.

Сградата в парка Мариан по време на военните действия 1991 година е била затворена по съображения за сигурност. След това музеят се премества в крепостта Грипе, а след 1997 г. отново се връща в Мариан. След 2000 г., по искане на работниците и служителите, под нуждите на Музея е разпределено на ново място, с обща площ около 1156 кв. м, в която Музей започва работа през януари 2002 година.

Преди откриването на новия директор на музея е била извършена реорганизация на музея, переучтены колекции и добавени са няколко нови експозиции (например, колекция от препарирани животни и птици, отдел "геология и палеонтология, ентомология, отдел" гръбначни и безгръбначни животни и т.н.). Също така бяха проведени работа по обработка и систематизиране на изложби, полеви изследвания в централната част на Далмация, тематични изложби в музея и извън него. Освен това, служителите на Музея участват в множество научни конференции.

На първия етаж на музея се провеждат различни тематични изложби, а на останалите етажи са разположени постоянни експозиции. Всеки желаещ може да закупите в музея на допълнителни материали за историята на музея и местна естествена история.