В 1647 г. град Айзенштадт се оказа под властта на един княжески дом Естерхази, че оказва силно влияние върху града и е довело до положителна промяна. През 1648 г. с указ на император Фердинанд III Айзенштадт става свободен град, да плащат откупные в размер на 16000 гулдена и 3000 бъчви вино. През 1670 г. Паул I позволи да се установят в Айзенштадте и шест близките населени места 3000 евреи, които са били докарани от Виена. Равин на града е на Самсон Вертаймер, който и сам бил погребан в старото еврейско гробище.

Има нужда в гробището. Така се появява старото еврейско гробище в 17-ти век близо до еврейския квартал. Старото гробище функционира с 1679 на 1875 години и е около 1140 надгробни плочи само с надписи на иврит. Поради ограниченото място, в близост до старото гробище беше създадена нова. Ново гробище е в експлоатация от 1875 година.

По време на нацистката окупация и двете гробища са частично унищожени, както и надгробни паметници са били използвани за изграждане на прегради в целия град. След 1945 година гробища са ремонтирани и паметници са поставени на място. През 1992 година на ново гробище настъпили акт на вандализъм: около 80 надгробни камъни са били обезобразени нацисткой символично.

Гробището в Айзенштадте се различава от други древни еврейски гробища липсата на растителност. Въпреки това, то има голяма прилика по форма и външен вид, с Виенско гробище. Това се дължи на факта, че първите заселници са от виенските емигранти. По-рано на входа на старото гробище е направена през красиви полукръгли метални порти, обаче, в днешно време те не са се запазили. И двете гробища са отворени за посещения.