Според работа ярославских историци Афанасьевский манастирът е основан след 1612 г. в момент, когато в близост до църква Атанасий и Кирил в параклиса се е случило получаването на чудотворната икона на Спасителя Нерукотворного. Но съществуват документални свидетелства, че този манастир съществува вече в 16 в. В 1615 г. Гавриил Мякушкин, земский старост, се обърна към митрополит ростовскому Кирил с молба да благослови основата на жилищата на свято място.

Има документални данни за това, че Афанасьевский манастир, управляван от изследователският игуменами. В първите години на своето съществуване, той вече е получил собствеността и привилегиите по грамотам Михаил Fedorovich. В първата пише, датируемой 1619 г., се посочва, че Афанасьевский манастирът се освобождава от тела пари и зърно, на свещи, на вино, на тамян. Също така на манастира се открои мястото под мелницата на Романовской и Ярославска страна. С гори и дърва за огрев, които манастир караха Волга, Мологе и Шексне за манастирския предмети такса не студентът. Манастирът освобождался от постоя воевод, боляри, принцове и path хора.

Първите постройки на манастира са били дървени, в 17 век светата обител е многократно сгорала по време на пожари. Така, през 1658 г. манастирът изгаря напълно. Първата каменна църква на манастира в чест на Атанасий и Кирил е построена през 1664 г. по благословение на митрополит ростов Йони Сысоевича. След завършване на строителството на църквата е украсена с картини, изпълнени с москва майстори. При пожар 1670 г. манастирът отново наранен. През 1676 г. до камбанарията на църквата от север е приложен зимна църква с камбанария, който е осветен в чест на Московския митрополит Алексий. През 1736 г. по искане на игумен на манастира Йони и по указ на архиепископ Йоаким за Афанасьевскому манастира възложили параклис, пристроенную до Знаменской или Власьевской кула, която е въездными врата на Земен град. Днес тя е известна под името Знаменской на църквата.

Афанасьевский манастир значително никога не е бил нито богатството на техните владения, нито за броя на иноков: в 1717 г. тук имаше само седем монаси да един белец; щата не са се увеличили и според 1802 г. на Територията на манастира е била съвсем малка, тя ограничивалась ниска каменна стена само от изток и северо-изток. В други страни като оградата се застъпват манастирски надворные сгради обывательских къщи, а също и на Спасо-Пробоинская църква.

Ет, парадному фасадата на манастира, който се излиза на Пробойную улицата, в 18 в. е издигнат две каменни кули по-малки размери, една от тях играе ролята на Светиите от портата, в друга установяват параклис в чест на важно събитие − обретении тук чудотворната икона. Кулата завършва кули с фигури трубящих ангели.

25 юни 1768 г., в център на град Ярославл за пореден път, че е имало пожар. В списъка на причинени щети се съдържа по същество, първото описание на сгради Афанасьевского манастир. При провеждането на възстановителните работи е актуализирана живопис на храма Атанасий и Кирил, на първоначалния каменен иконостас заменя с дървен.

През 1820-1830 г. в манастир са били проведени широкомащабни работи по разкрасяване са изградени двуетажни каменни настоятельские покоите на стол с камарата; са разположени две братски килии; за църквата Атанасий и Кирил през 1825 г. мещанин Константин Требников се произвеждат със собствени средства нов иконостас, Александър Чарышников от Ярославъл позолотил му; в 1831 г. топъл храма са украсени живопис, стенописи, изпълнени Тимотей Медведев. В същото време е възстановен одноярусная камбанария над папертью топла църквата на манастира от упраздненного Борисоглебского присъедини бе връчена на 115-пудовый звънец. Ансамбъл камбанария на манастира, съставен от седем камбани.

Следващата перестройкам Афанасьевский манастир е бил на границата 19-20 век: през 1897 г. бяха изградени каменни изби, каретная, навес, баня, конна база; през 1903 и 1907 г. са извършени ремонтни дейности в камбанарията на църквата на средствата, заделяни Е. Д. Вахрамеевым; през 1912 г. е поновлена стенни живопис художник и реставратором М. И. Дикаревым за дарения, а И Вахромеева.

През 1764 г. в указ на императрица Екатерина II Афанасьевскую обител причислили към заштатным. На 12 декември 1857 г. Афанасьевская обител е построена в степен на третьеклассной, настоятели я имали, с това време сан архимандритов. От 1895 г. Афанасьевский манастирът получава статут на пребиваване викарного епископ ярославска епархия.

След революцията при Афанасьевском манастир е създадена енорийска общност. През февруари 1925 г. манастирът е затворен, част от него имот е бил прехвърлен в храма на Спасителя, на Града и други храмове. През 1930 г. по решение на градските власти камбанария е изтеглена, а в църквата Атанасий и Кирил и други манастирски постройках уреждат организацията, производствените работилници, братски корпус е използван и за живеене.

През ноември 2007 г. църква с ограда и кули на Светиите порта предава на Руската Православна църква. Когато Ярославска духовна семинария се премества в сградата на имение Вахромеева по заповед на владиката Кирил манастирският храм се превърна в семинарским. 31 януари 2008 г. в част на пътеката, Алексия бе извършено първото богослужение.