Гърция е смятана за родина на западната цивилизация. Това е древна държава, история и традиция, която датира от не едно хилядолетие. Гърция е люлката на науката, културата и образованието. Гръцката образователна система се е зародил още в епохата на Древна Гърция и своя разцвет достига през 6 век пр. хр Вече към 5 в. пр. хр сред свободните атиняните трудно е да се намери неграмотни хора. В обикновените училища учеха да четат, да пишат, да смятат. Преподава и музика, танци, гимнастика. В заведенията на по-високо ниво преподава арифметику, риторика, граматика, теория на музиката, диалектическия, геометрия и астрономия. В 4 век пр. хр, се появява и висше образование. По това време известни философи преподавали срещу заплащане, които искат логика, история на философията, на изкуството на красноречието.

На 3 май на 1837 година, в резиденцията на известния гръцки архитект Стаматиса Клеантеса, е основан на Атина националния университет на името на Иоанниса Каподистрии (Университет на Атина). Университетът носи името на първия президент на Гърция. По-рано той е бил известен като Университет Оттона. Този е най-старият и един от най-престижните университети в Гърция, бе първият университет не само на Гърция, но и на Балканския полуостров и само Източната част на Средиземно море.

През 1841 г. занятията се премества в нов корпус, проектиран датския архитект Теофилом фон Хансеном. В стара сграда в момента се помещава Музея за история на Университета на Атина.

В това време университетът има 4 факултета: теология, право, медицина и изкуства. Факултет по изкуствата включва в себе си изучаване приложни науки и математика. Интересно е, че първоначално за 52 студенти преподавало 33 професор.

Важна промяна в структурата на университета се е случило през 1904 г., след това по изкуства, които са разделени на два факултета: изкуства и науки. Факултет по науки включва фармацевтични училище, професор по математика и физика. През 1919 г. е открита катедра по химия, а малко по-късно фармацевтичната училище получи статут на стола.

Днес Университет е признат за един от връзките на най-голямата научно-изследователски и образователни центрове в Европа. Той е вторият по големина висш образователен институт на Гърция. Обучение в него е на разположение и за чуждестранни студенти.